9 декабря 2023 года суд в Омске арестовал Сергея до 30 января 2024 года по обвинению в подрыве поездов с нефтепродуктами в Северомуйском тоннеле 29 и 30 ноября. Сначала загорелся состав с 41 цистерной с топливом, 3 с авиационным топливом и 6 вагонов с чёрным металлом. Позже произошёл подрыв грузового поезда, ехавшего по объездному пути. В результате топливо разлилось на площади 150 квадратных метров — 4 цистерны с топливом полностью сгорели, ещё 2 были повреждены. Согласно ФСБ, Еремеев «дал признательные показания о работе под контролем украинских спецслужб». Подрывы в тоннеле квалифицировали как теракт.
Как пишут в государственных СМИ РФ, Еремеев заявил, что хотел помешать поставкам военных грузов: «Я написал в объяснении, что через БАМ сейчас везут боеприпасы. Главная цель была — воспрепятствовать движению».
Сергей участвовал в общенациональной стачке на «Нафтане» в ноябре 2020 года, о чём мужчина заявил публично и даже отправил своё заявление в адрес движения Тихановского. «Сергей старался всё решать мирным путем. Может быть, уже надоело, что ничего не решается…на видео, пусть там и закрашено лицо, я его сразу узнал», — отзывается о Еремееве его знакомый. Спустя несколько недель после забастовки Сергея уволили с «Нафтана». Сергей был одним из лучших механиков в Новополоцке.
По данным следствия, в ноябре 2023 года Еремеев на своем автомобиле скрытно перевез взрывные устройства через государственную границу России и прибыл на территорию Бурятии. Далее, с целью совершения террористического акта, в ночное время на одном из участков Восточно-Сибирской железной дороги, а также на следующих по ней железнодорожных составах установил взрывные устройства и активировал пульты дистанционного управления. Суд постановил, что в результате подрыва установленных Еремеевым взрывных устройств потерпевшим причинен имущественный ущерб, связанный с уничтожением и повреждением цистерн и оборудования на железной дороге, на сумму более 100 000 000 рублей (1,2 млн долларов), а также иные тяжкие последствия в виде нарушения работы транспортной магистрали федерального значения.
Суд по совокупности преступлений назначил Еремееву наказание в виде лишения свободы на срок 22 года, с отбыванием первых 5 лет в тюрьме, а оставшейся части наказания в исправительной колонии строгого режима, со штрафом в размере 1 000 000 руб. Транспортное средство, принадлежащее Еремееву, постановлено конфисковать. Также судом удовлетворены гражданские иски потерпевших в счет возмещения причиненного ущерба к Еремееву на общую сумму более 60 000 000 рублей (744 тысячи долларов), которые постановлено взыскать с осужденного.
