9 grudnia 2023 roku sąd w Omsku aresztował Siergieja do 30 stycznia 2024 roku pod zarzutem wysadzenia pociągów przewożących produkty naftowe w tunelu Siewieromujskim w dniach 29 i 30 listopada. Pociąg, wiozący 41 cystern paliwowych, trzy zbiorniki paliwa lotniczego i sześć wagonów z metalami kolorowymi, najpierw stanął w płomieniach. Później wybuchł pociąg towarowy jadący obwodnicą. W rezultacie paliwo rozlało się na obszarze 150 metrów kwadratowych – cztery cysterny zostały całkowicie zniszczone, a dwa kolejne uszkodzone. Według FSB Jeremiejew „przyznał się do działania pod kontrolą ukraińskich służb specjalnych”. Eksplozje w tunelu zostały zakwalifikowane jako atak terrorystyczny.
Według rosyjskich mediów państwowych Jeremiejew twierdził, że chciał zakłócić dostawy zaopatrzenia wojskowego: „W swoich wyjaśnieniach napisałem, że amunicja jest obecnie transportowana przez magistralę Bajkalsko-Amurską. Głównym celem było utrudnienie ruchu”.
Siergiej brał udział w ogólnokrajowym strajku w Naftanie w listopadzie 2020 roku, o czym publicznie się poinformował , a nawet wysłał oświadczenie do ruchu Cichanowskiego. „Siergiej starał się wszystko rozwiązać pokojowo. Może był zmęczony tym, że nic się nie rozwiązuje… Na nagraniu, mimo że miał pomalowaną twarz, rozpoznałem go od razu” – powiedział znajomy Jeremiejewa. Kilka tygodni po strajku Siergiej został zwolniony z Naftanu. Siergiej był jednym z najlepszych mechaników w Nowopołocku.
Według śledczych, w listopadzie 2023 roku Jeremiejew potajemnie przewiózł ładunki wybuchowe przez granicę rosyjską swoim samochodem i dotarł do Buriacji. Następnie, z zamiarem dokonania aktu terrorystycznego, podłożył w nocy ładunki wybuchowe na odcinku Kolei Wschodniosyberyjskiej oraz w pociągach nią poruszających się, uruchamiając systemy zdalnego sterowania. Sąd orzekł , że detonacja ładunków wybuchowych podłożonych przez Jeremiejewa spowodowała straty materialne ofiar, związane ze zniszczeniem i uszkodzeniem cystern kolejowych i sprzętu kolejowego, wynoszące ponad 100 milionów rubli (1,2 miliona dolarów), a także inne poważne konsekwencje w postaci zakłócenia funkcjonowania federalnej autostrady transportowej.
Sąd skazał Jeremiejewa na 22 lata więzienia, z czego pierwsze pięć lat miał odbyć w kolonii karnej o zaostrzonym rygorze, oraz grzywnę w wysokości 1 000 000 rubli. Nakazano konfiskatę pojazdu Jeremiejewa. Sąd uwzględnił również roszczenia cywilne ofiar przeciwko Jeremiejewowi o odszkodowanie w łącznej wysokości ponad 60 000 000 rubli (744 000 dolarów), które miały zostać odzyskane od skazanego.
